Les fondations de la psychologie en éducation proviennent principalement de la philosophie de l'éducation. Cette branche de la philosophie s'intéresse particulièrement à la qualité de l'éducation et aux programmes de préparation des enseignants ^{[réf. nécessaire]}.

Plusieurs attribuent la paternité de la psychologie en éducation à Edward Lee Thorndike qui formule la première définition opérationnelle de la discipline dans son ouvrage Educational psychology (1903, 1919-1914). Si les travaux de Thorndike portèrent sur les théories de l'apprentissage, l'expérimentation animale et les observations quantitatives, les travaux d'un deuxième personnage important pour le développement de la psychologie en éducation, Charles Hubbard Judd, portèrent plutôt sur les transformations, l'organisation, les politiques et les pratiques dans le milieu de l'éducation. Ces deux différents champs d'étude de la psychologie en éducation imagent les contrastes dans les mouvements subséquents de la discipline : le mouvement de la mesure, des théories de l'apprentissage et des expériences en laboratoire, et le mouvement d'étude des curriculums et de l'organisation de l'école.

Les travaux de Stanley Hall ont aussi influencé le domaine de la psychologie de l'éducation. Hall a mis l'accent sur l'importance de la conception de l’enfant dans son ensemble afin d'examiner ses caractéristiques et de construire des théories applicables à la moyenne des enfants.

La discipline de la psychologie de l'éducation est devenue une division de l'American Psychological Association (APA) en 1946 : la division 15 « Educational Psychology ». La discipline prend aussi ses racines dans la psychologie du développement puisque de nombreux théoriciens en psychologie de l'enfant ou en psychologie du développement ont jeté les bases des perspectives théoriques que l'on retrouve de nos jours en psychologie de l'éducation.